漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份产生怀疑。 刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……
演员：矢岛晶子 小林由美子 楢桥美纪 藤原启治 森川智之 兴梠里美 真柴摩利 林玉绪 一龙斋贞友 佐藤智惠 高田由美 七绪春日 富泽美智惠 三石琴乃 纳谷六朗 森田顺平
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演员：野原向日葵：こおろぎさとみ 野原广志：森川智之 藤原啓治 野原美冴：ならはしみき 野原新之助：矢島晶子 小山よし治：池田知聡 坂口賢一 小山まさえ：宮寺智子
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演员：柴田秀胜 野泽雅子 岛本须美 银河万丈 古川登志夫 千叶繁 杉山佳寿子 铃木玲子 森功至 古谷彻 中尾隆圣 渡边菜生子 田中真弓 泽木郁也 二又一成 鹤广美 饭塚昭三 冬马由美 龙田直树 胜生真沙子 大塚周夫 内海贤二 三田友子 阪脩 玄田哲章 本多知惠子 铃置洋孝 藤田淑子
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